De Immanuelkerk werd in 1922-1923 gebouwd. Na de officiële oprichting van de Gereformeerde Kerk De Bilt in 1887 kerkte men de eerste veertien jaren in een noodkerk. In de Utrechtsche Courant van 31 augustus 1887 kon men lezen: Aan de Bilt is een gebouwtje geplaatst, dat dienst zal doen als kerkje voor de dooleerende gemeente. Die tekst doelde op het kerkje, dat ontstaan was na een verbouwing van enkele door Van Santen beschikbaar gestelde woninkjes die gelegen waren in het steegje naast zijn huis, Dorpsstraat 1. In 1901 werd in de pas aangelegde Nieuwstraat een stuk grond gekocht, waarop een eenvoudig zaalkerkje werd gebouwd voor de gereformeerden. Ook dat kerkje werd echter na verloop van tijd te klein.

De kerk aan de Soestdijksweg werd op 11 april 1923 in gebruik genomen. Architect was P.J. Houtzager, die gereformeerd was en die tussen 1919 en 1928 in De Bilt woonde. Hij heeft het ontwerp van de kerk belangeloos gemaakt. P.J. Vermaak oefende uit hoofde van zijn functie als gemeentearchitect toezicht uit op de bouw. Het is niet duidelijk of hij invloed gehad heeft op het ontwerp.

De Immanuelkerk is een west-oost gerichte kruiskerk met een toren aan de oostzijde. De begane grond van de toren vormt de hoofdingang. Opmerkelijk is de in de toren aanwezige luidklok die dateert uit 1635 en gegoten werd door François Sijmon. De klok is afkomstig uit de kerk van Hattum en kon in 1925 aangekocht worden.

Na jarenlange onderhandelingen zijn de hervormden, gereformeerden en lutheranen op 12 mei 2004 gefuseerd. De Immanuelkerk werd een kerk behorend bij de Protestante Kerken Nederland (PKN). Ook de Dorpskerk, de Opstandingskerk, de Zuiderkapel, de Julianakerk en de Noorderkerk zijn kerken van de PKN geworden. Op 14 januari 2009 werd er in gebouw De Schakel ten overstaan van notaris Moolenaar uit Leiden de Akte van Vereniging ondertekend door vertegenwoordigers van de Hervormde Gemeente en de Gereformeerde Kerk van De Bilt. Per 15 januari was de fusie officieel een feit.